COVID-19 : Génome Canada et l’Université McGill à l’affût des variants préoccupants

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Le Portail canadien de données du projet VirusSeq permettra le partage, en temps réel, de données normalisées
Publié: 27avr.2021

Génome Canada a lancé aujourd’hui le Portail canadien de données du projet VirusSeq afin de suivre l’évolution de la pandémie de COVID-19 au Canada. La mise en place de ce portail a été dirigée par Guillaume Bourque, professeur au Département de génétique humaine de l’Université McGill, et son équipe de recherche. Ils ont travaillé en collaboration avec les chercheurs du projet VirusSeq du RCanGéCO et d’autres spécialistes renommés en génomique, dont Fiona Brinkman, Ph. D. (Simon Fraser University), William Hsiao, Ph. D. (Simon Fraser University), Lincoln Stein, Ph. D. (Institut ontarien de recherche sur le cancer) et Yann Joly, Ph. D. (Université McGill).

Le nouveau portail permet le partage de données en temps réel et regroupe les séquences des génomes du SRAS-CoV-2 à partir desquelles on détecte et diagnostique les nouveaux variants, puis on en prévoit la propagation. En outre, le portail renfermera les métadonnées connexes du Laboratoire national de microbiologie de l’Agence de santé publique du Canada et des laboratoires de santé publique de partout au pays. Génome Canada sera le consignataire des données.

Ce portail est l’un des principaux livrables de la Stratégie intégrée de lutte contre les variants préoccupants, initiative de 53 millions de dollars annoncée par le gouvernement du Canada le 12 février 2021. Il fournira aux chercheurs, aux autorités de santé publique et aux autres experts à l’œuvre dans la gestion de la pandémie au Canada un portrait clair de la situation partout au pays, notamment des données sur la détection, la transmission, l’évolution et le traçage des variants préoccupants.

« Le monde a encore beaucoup à faire pour vaincre la COVID-19, et le partage rapide des données est l’une des armes les plus efficaces à notre disposition », affirme Guillaume Bourque, directeur du Service de bio-informatique, Centre d’innovation Génome Québec et Université McGill. « Grâce au lancement du portail, nous disposons maintenant d’une plateforme pour toutes les séquences canadiennes du SRAS-CoV-2 et les métadonnées connexes. Au bout du compte, nous serons mieux placés pour prendre les décisions et faire les découvertes qui sortiront le Canada de cette pandémie et nous aideront à gérer la prochaine. »

Des outils d’analyse novateurs

En collaboration avec DNAstack, l’équipe du Pr Bourque s’engagera dans le Nuage COVID, plateforme infonuagique qui permet aux chercheurs et aux décideurs de mieux comprendre la COVID-19 grâce à la génomique et à d’autres ensembles de données. Le Nuage COVID sert au partage de données selon les normes ouvertes de l’Alliance mondiale de génomique et de santé et procure aux chercheurs des outils pour trouver, visualiser et analyser des ensembles de données dans le nuage. Il relève d’un consortium canadien et est financé par la Supergrappe des technologies numériques du Canada.

Avant l’avènement du portail, les laboratoires et les chercheurs en santé publique du Canada étaient limités lorsque venait le moment de brosser le tableau de la pandémie; en effet, ils devaient fournir des données à diverses banques internationales – notamment le Global Influenza Surveillance & Response System (GISAID), banque de séquences du coronavirus la plus vaste du monde – et consulter ensuite ces bases. Toutefois, aucune banque de données ne contenait à elle seule toute l’information nécessaire à l’élaboration d’une stratégie pancanadienne de surveillance génomique et, jusqu’à aujourd’hui, de nombreux obstacles venaient compliquer le partage de données propres au contexte canadien.

Le portail canadien est maintenant en ligne, prêt à recevoir, dans les jours et les semaines à venir, les séquences des génomes viraux et les métadonnées en provenance de laboratoires et de chercheurs de partout au Canada. Le portail évoluera au fil de l’ajout de séquences virales; quant à l’équipe de Guillaume Bourque, elle continuera de concevoir des outils d’exploration, d’analyse et d’interprétation de ces données.

L’Université McGill

Fondée en 1821 à Montréal, au Québec, l’Université McGill est l’une des grandes universités du Canada. Elle compte deux campus, 10 facultés, 12 écoles professionnelles, 300 programmes d’études et près de 41 000 étudiants, dont plus de 9 700 aux cycles supérieurs. Elle accueille des étudiants originaires de plus de 150 pays, ses 12 000 étudiants internationaux représentant 30 % de sa population étudiante. Au-delà de la moitié des étudiants de l’Université McGill ont une langue maternelle autre que l’anglais, et environ 20 % sont francophones.

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