Systèmes GC-MS
Deux instruments GC/MS Agilent de la série 5975C GC/MSD équipés du détecteur Triple-Axe sont utilisés pour les analyses ciblées, non-ciblées et en flux. Les données sont collectées puis analysées par les logiciels Chemstation ou MassHunter (Agilent). Le logiciel Mass Profiler Professional (MPP, Agilent) est utilisé pour les analyses statistiques différentielles non-ciblées. Les spectres sont identifiés en interrogeant les librairies Fiehn, Bains (Steadman Metabolism laboratory, Duke University) ou NIST11 et par l'utilisation de standards authentiques.
Systèmes LC-MS
L'instrument Agilent 6430 Triple Quadrupole LC/MS est couplé avec un système LC de type UHPLC 1290 Infinity (chromatographie liquide ultra-haute performance) pour la séparation et l'analyse rapide de métabolites lors d'études ciblées. La stratégie de mesure par réaction multiple (MRM) permet de quantifier précisément des dizaines de composés lors d'une seule injection. Il est dédié à l'analyse de petites molécules de faible poids moléculaire. Nous utilisons la série de logiciels MassHunter pour l'acquisition des données, l’identification et la quantification.
L'instrument Agilent 6540 UHD Accurate-Mass Q-TOF LC/MS est couplé avec un système LC de type UHPLC 1290 Infinity (chromatographie liquide ultra-haute performance) pour la séparation et l'analyse rapide de métabolites lors d’études non ciblées d'échantillons complexes. Il offre une large gamme linéaire dynamique pour la quantification ainsi que d'excellentes précision de masse et résolution pour l’acquisition de données MS et MS/MS.
Nous utilisons la technologie Agilent Jet Stream permettant la mise au point d'un gradient thermique afin d'obtenir un sensibilité exceptionnelle pour la détection de composés présents à l'état de traces.
Nous utilisons le logiciel Mass Profiler Professional (MPP) pour l'analyse statistique différentielle d’échantillons complexes ainsi que les bases de données METLIN (plus de 23 000 métabolites et lipides endogènes disponibles) et HMDB (Human Metabolome DataBase) pour l'identification.
Analyseur de Milieu de Culture - Nova BioProfile 400
L'analyseur BioProfile 400 est un instrument facile d'utilisation permettant une mesure rapide (3 min / échantillon) de la concentration de glucose, lactate, glutamine, glutamate, ammonium, sodium et potassium ainsi que du pH des milieux de culture cellulaires. Pour plus d'informations concernant cet instrument et la gamme mesurable de concentrations, veuillez visiter le site du fabriquant : http://www.novabiomedical.com/products/bioprofile-analyzer/.
(le BioProfile 400 est situé au 7e étage du bâtiment McIntyre en salle 716).
Pour toute demande d'utilisation, le chercheur doit tout d'abord contacter la personne responsable pour une session de formation de 30 min environ.
Spécification de l’échantillon:
Un volume minimal de milieu de culture de 1 mL est nécessaire pour le bon fonctionnement de l'instrument. Le milieu doit être centrifugé au préalable afin d’éliminer tout débris cellulaire avant l'analyse.
Contact: Bozena Samborska
514-398-1761
bozena.samborska [at] mcgill.ca
RMN
- QANUC 500 MHz RMN
- QANUC 800 MHz RMN
- IR-CUSM 600 MHz RMN
Le personnel de la plateforme de métabolomique a accès aux installations de la plateforme de RMN QANUC et de la plateforme de découverte de médicaments qui possèdent plus que trois systèmes (800 MHz, 600 MHz et 500 MHz) équipés avec des sondes refroidies par cryogénie pour une meilleure sensibilité. Les données sont analysées grâce aux logiciels de Chenomx et autres.
Respiration Cellulaire - Instruments Seahorse
Notre plateforme possède trois instruments Seahorse : un XFe24 (format 24 puits), un XFe96 (format 96 puits) et un XFp (format 6 puits). En utilisant la technologie de micro-chambre transitoire, les instruments Seahorse mesurent le taux de consommation d’oxygène (respiration) ainsi que le taux d'acidification extracellulaire (glycolyse) dans des cellules en culture (adhérentes ou en suspension) grâce à l'utilisation d'un milieu spécial sans bicarbonate. Le système cellulaire peut ensuite être perturbé par l'addition de nutriments, de drogues ou de mitotoxines afin de mesurer des changements dans la respiration et le cycle de glycolyse.
(les instruments SeaHorse sont situés au 7e étage du bâtiment McIntyre en salle 726).
L'utilisation du Seahorse requiert environ deux jours de formation. La formation inclut notamment les instructions concernant la calibration et le dosage de différentes mitotoxines (si désiré) ainsi que de l'information sur l'utilisation générale de l'instrument. Une personne qualifiée sera disponible pour vous assister.
Caractéristiques des échantillons:
L'utilisation du SeaHorse requiert des cellules proliférantes en culture dans un milieu spécialisé.
Contact: Daina Avizonis
514-398-5199
daina.avizonis [at] mcgill.ca