En décembre 2003, le professeur Trottier a reçu le prestigieux Prix Lionel-Boulet, le plus grand honneur octroyé par le gouvernement du Québec pour le développement économique dans le secteur de la technologie appliquée. La même année, la Fédération de l'informatique du Québec le classe parmi 25 Bâtisseurs des technologies de l'information et des communications (TIC). En 2007, il est nommé membre de l’Ordre du Canada et, en 2011, l’Université de Montréal lui décerne un doctorat honorifique.
Au fil des ans, le professeur Trottier et la Fondation de la famille Trottier ont également été des bienfaiteurs extrêmement généreux à l’égard de l’Université McGill. La construction du Pavillon Lorne M. Trottier, qui lui a été dédié en 2004, a été rendue possible grâce à un don de dix millions de dollars versé à l’Université. En 2006, ce don a été suivi d’un second geste généreux, un don de 12 millions de dollars servant à établir la Chaire d’astrophysique et de cosmologie Lorne Trottier à la Faculté des sciences, la Chaire de génie aérospatial Lorne Trottier de la Faculté de génie ainsi que des bourses de recherche à l’intention des étudiants des cycles supérieurs des deux facultés.
Le professeur Trottier et sa famille soutiennent également la Série de conférences Mini-Science ainsi que les symposiums scientifiques pour le public Lorne Trottier – une série annuelle de séminaires organisés par l’Organisation pour la science et la société de l’Université McGill mettant en vedette des conférenciers exceptionnels de partout sur la planète et conçus pour « informer, inspirer, débattre et sensibiliser à propos des enjeux contemporains avec lesquels la société actuelle est aux prises ». Plus récemment, le professeur Trottier a effectué un don de 5,5 millions de dollars à l’Organisation pour la science et la société, pour s’assurer que les efforts de l’organisation pour séparer les faits des légendes puissent se poursuivre, tout comme les symposiums, à perpétuité.