Événement | RNA-Seq Bootcamp

Du 1er au 5 juin 2026, la  Computational and Data Systems Initiative,  en partenariat avec Quantitative Life Sciences-McGill initiative in Computational Medicine ainsi que la  Plateforme D2R-HeDS Platform (Health Data Science), C3G et le RI-MUHC, organiseront un bootcamp sur le RNA‑seq.

Ce bootcamp, composé de cinq modules, est conçu pour accompagner les participant·e·s, depuis les bases de la navigation en ligne de commande jusqu’à l’exécution de flux de travail bioinformatiques avancés et reproductibles pour l’analyse RNA‑seq. Le programme débute par l’acquisition de compétences essentielles en UNIX et des méthodes de récupération de données, puis progresse vers la conception expérimentale et les principales étapes de prétraitement, notamment le contrôle de qualité, l’alignement des lectures et leur quantification.

Les participant·e·s seront ensuite initié·e·s à l’analyse de l’expression génique différentielle (DGE), apprenant à appliquer des modèles statistiques appropriés et à gérer des plans expérimentaux complexes et multifactoriels à l’aide de DESeq2, ainsi qu’à explorer des méthodes d’enrichissement fonctionnel (ORA et GSEA). Enfin, les participant·e·s apprendront à déployer des pipelines standardisés (Nextflow et GenPipes) sur des environnements de calcul haute performance (HPC) utilisant des ordonnanceurs SLURM, avant de conclure par une séance dédiée au dépannage afin de soutenir les applications de recherche autonomes.

Programme

Inscription

Ces sessions sont offertes en format hybride : elles sont accessibles à la fois en ligne et en présentiel !