Comment la COVID-19 s’est propagée au Québec

Une équipe de chercheurs mcgillois a analysé 734 séquences génomiques – et révèle que le virus est entré ici par l’intermédiaire de 247 personnes

L’Institut national de santé publique du Québec et le Centre de génomique de l’Université McGill ont annoncé les résultats préliminaires de l’analyse de la séquence génétique du virus SARS-CoV-2 responsable de la COVID-19 des premiers cas québecois. Selon cette étude, le virus est entré au Québec durant la semaine de relâche par l’intermédiaire de 247 personnes.

Ces recherches indiquent que l’épidémie au Québec trouve son origine principalement en Europe et en Amérique, mais pas en Asie. « La plupart des introductions précoces du virus au Québec n’ont pas donné lieu à des transmissions durables, explique Sandrine Moreira, responsable de la coordination de la génomique et de la bio-informatique au Laboratoire de santé publique du Québec. Toutefois, les personnes qui sont revenues au Québec après la semaine de relâche ont finalement contribué à l’émergence des milliers de cas que l’on a recensés par la suite, soit près de 60 000 personnes infectées. »

L’équipe de l’INSPQ et de McGill a analysé 734 séquences génomiques de haute qualité d’échantillons collectées entre la mi-février et le 1er avril 2020. « Nous avons utilisé des technologies de pointe pour le séquençage du virus SARS-CoV-2, » explique Ioannis Ragoussis, Professeur au département de Génétique Humaine de McGill « ceci nous conforte dans la qualité des données produites». Ces séquences ont été comparées à 21 935 séquences internationales ou provenant d’autres provinces canadiennes de la même période disponibles dans la base de données de référence GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data). « L’analyse de ce gigantesque jeu de données a nécessité plusieurs jours de calcul », mentionne Éric Fournier, bio-informaticien au Laboratoire de Santé Publique et co-premier author sur cette étude. Les chercheurs ont identifié l’origine géographique des souches québécoises à l’aide de la méthode phylogénétique Ancestral State Reconstruction (ASR). « Cette technique d’analyse phylogénétique permet de remonter virtuellement dans le temps pour identifier l’ancêtre commun de chaque séquence québecoise et des séquences internationales, et ainsi d’en identifier l’origine » explique la co-première auteure Carmen Mural de l’équipe de Jesse Shapiro, professeur associé au département de Microbiologie et d’immunologie de McGill.

Rappelons que ces travaux permettent de soutenir les enquêtes épidémiologiques de santé publique et de valider des liens de transmission identifiés lors des investigations sur le terrain. « Ces données soulignent l’importance des mesures de Santé Publique, » ajoute Sandrine Moreira « avec si peu de cas pouvant conduire à une transmission aussi large, il est important que chacun demeure vigilant »

Consulter l’étude.

 

Back to top