Le PÉQ se démarque de la plupart des programmes d'études de l'Université McGill en poursuivant un programme de publication élaboré. Le PÉQ publie à l'occasion ses propres Cahiers, qui sont le résultat d'activités scientifiques ponctuelles.
De plus, entre 1995 et 2001, le PÉQ a collaboré à la publication de la revue Politique et Sociétés de la Société québécoise de science politique. Le PÉQ a apporté aussi son appui à l'établissement de la revue Globe.
Le PÉQ souhaite publier, au cours des années à venir, des monographies de haut calibre portant sur le Québec et qui, pour des raisons de faible tirage, ne seraient pas autrement publiées.
Parmi les titres les plus importants auxquels le PÉQ a apporté sa contribution au cours des dernières années, notons :