Séquençage du génome entier et dépistage prénatal

Devrait-on utiliser le séquençage du génome entier dans les programmes de santé publique qui dépistent les maladies rares chez les nouveau-nés?

Puisque le séquençage du génome entier devient de plus en plus abordable et fiable, cette question est susceptible de susciter des débats au cours des prochaines années dans bon nombre des 60 pays et plus qui offrent le dépistage des maladies rares chez les nouveau-nés. Les programmes de dépistage néonatal– qui consistent en le prélèvement de quelques gouttes de sang du talon des nouveau-nés – ont été instaurés à la fin des années 1960 et ont permis de sauver des milliers de vies grâce à la découverte de certains troubles génétiques, endocriniens ou métaboliques qu’il est possible de traiter efficacement s’ils sont décelés assez tôt. Les défenseurs du séquençage du génome entier de routine font valoir que cette nouvelle technologie pourrait permettre de détecter et de prendre en charge un plus large éventail de maladies.

Toutefois, selon des chercheurs du Département de génétique humaine de l’Université McGill, à Montréal, la possibilité que le séquençage du génome entier fasse partie des programmes de dépistage néonatal de routine soulève des enjeux éthiques, juridiques et sociaux dont il faut absolument tenir compte.

Dans un article publié le 26 mars 2014 dans la revue Science Translational Medicine, la professeure Bartha M. Knoppers et ses collègues décrivent les principales questions et considérations qu’il faut prendre en compte. « Toute modification apportée aux programmes de dépistage chez les nouveau-nés doit être guidée par le meilleur intérêt de l’enfant », affirme la professeure Knoppers, directrice du Centre de génomique et politiques à McGill. « Nous devons également faire preuve de prudence dans l’interprétation de la validité scientifique et de l’utilité clinique des résultats du séquençage du génome entier».

Les chercheurs estiment qu’il faut examiner les points suivants :

• Quels résultats faut-il communiquer? L’utilisation du séquençage du génome entier dans les programmes de dépistage néonatal pourrait produire d’énormes quantités de données – notamment des découvertes fortuites comme des renseignements sur la paternité ou les risques reproductifs. De plus, parmi les renseignements relatifs à la santé susceptibles d’émerger se trouvent aussi des résultats non validés ou ayant une faible valeur prédictive, ou qui portent sur des maladies qui apparaissent à l’âge adulte. Une solution possible : effectuer le séquençage du génome entier, mais disposer d’une liste de maladies pédiatriques qu’il est possible de communiquer aux parents; les autres résultats pourraient être retenus  aux fins de divulgation ultérieure, lorsqu’ils ont acquis une validité scientifique et une utilité clinique ou lorsqu’il est possible de les communiquer directement à l’enfant lorsqu’il aura atteint l’âge de la maturité.
• Répercussions sur les systèmes de santé. Dans l’éventualité de la mise en place du séquençage du génome entier dans les programmes de dépistage néonatal, il faudrait réorganiser les systèmes de santé publique pour qu’ils puissent gérer l’énorme quantité de données qui serait produite. L’information supplémentaire pourrait également générer davantage de faux positifs, ce qui ferait peser un lourd fardeau sur les familles et sur les ressources des systèmes de santé.
• Obligatoire vs volontaire. À l’heure actuelle, la plupart des programmes de dépistage néonatal sont soit prescrits par la loi, soit autorisés en vertu du consentement parental présumé. Devrait-on exiger le consentement explicite  si le dépistage n’est plus strictement pour le bénéfice direct du nourrisson pendant son enfance?
• Éducation  des professionnels de la santé et des parents. De nombreux médecins ont une formation limitée en génétique, de sorte qu’il faudra éduquer davantage les professionnels de la santé et les parents sur la génétique et la génomique.
• Communiquer les résultats au fil du temps. La validité des tests de même que la communication et la compréhension des résultats au fil du temps poseront de nombreuses difficultés aux médecins et aux familles.
• Assurer le traitement et le suivi. Lorsqu’il y a un traitement disponible, les résultats issus du dépistage d’un nouveau-né seront précieux sur le plan individuel, particulièrement dans le cas de maladies monogéniques.
• Variantes validées. La capacité d’offrir une interprétation uniformisée et exacte des variantes génétiques représente une difficulté importante du séquençage du génome entier.
• Stockage des données. Les données brutes devraient-elles être conservées dans le dossier du patient? Dans l’affirmative, dans quelles conditions et pendant combien de temps?
• Assurabilité de la personne. Les données obtenues grâce au séquençage du génome entier du nouveau-né pourraient faire partie de son  dossier médical du nouveau-né, ce qui pourrait entraîner des problèmes en matière d’assurabilité.

« En l’absence de lignes directrices claires et de discussions publiques sur l’éventuelle intégration (ou non) du séquençage du génome entier dans les programmes de  dépistage néonatal, plus de parents pourraient un jour choisir de payer des services privés d’analyses pour obtenir un séquençage du génome entier », affirme Karine Sénécal, coauteure de l’article et attachée, affaires universitaires, au Centre de génomique et politiques à McGill. « Il faut mettre en place des programmes d’éducation tant pour les professionnels de la santé que pour le  public général afin que les gens comprennent les limites du séquençage du génome entier. »

Les professeurs Denise Avard, directrice de la recherche au Centre de génomique et politiques, et Pascal Borry, de l’Université de Louvain en Belgique, sont également coauteurs de l’article.

Renseignements sur le Centre de génomique et politiques : 
http://www.genomicsandpolicy.org/fr