Le monde vidéoludique au service de la recherche en génétique

Analyser de séquences d’ADN grâce à un jeu vidéo conçu à McGill

Depuis un an, les causes génétiques de maladies comme l’Alzheimer, le diabète et le cancer sont un peu plus limpides grâce aux milliers d’amateurs d’un jeu vidéo Web mis au point par Jérôme Waldispuhl, professeur adjoint à l’École d'informatique de McGill, et son collaborateur, Mathieu Blanchette. Phylo permet à des adeptes de jeux grand public de prendre part à la recherche scientifique en agençant de multiples séquences de blocs colorés qui représentent l’ADN humain. L’examen des similitudes et des différences entre ces séquences d’ADN livre des enseignements précieux quant à diverses maladies génétiques.

Aujourd’hui, les chercheurs présentent les résultats compilés à partir de solutions rassemblées au cours des douze derniers mois, ainsi qu’une version améliorée de Phylo pour tablettes.

Pendant l’année, les 17 000 utilisateurs enregistrés de Phylo ont pu choisir de s’amuser ou de tenter de décoder une maladie génétique particulière. « Beaucoup se sont dits heureux de s’adonner à un jeu qui permet de préciser l’origine d’une maladie comme l’épilepsie », dit le professeur Waldispuhl. « L’idée de s’amuser tout en contribuant à la science suscite un vif intérêt », confirme M. Blanchette. « C’est le jeu exempt de culpabilité, le contraire d’une totale perte de temps. »

Le professeur Waldispuhl et ses étudiants ont songé au jeu vidéo pour résoudre le problème d’alignement de multiples séquences d’ADN, une tâche complexe pour l’ordinateur. « Le cerveau humain réussit plus efficacement certains calculs que l’ordinateur. Reconnaître et trier des formes visuelles en sont des exemples », dit M. Waldispuhl. « L’ordinateur est idéal pour traiter de grandes quantités de données brutes, mais pour un haut degré de précision, l’humain peut se révéler supérieur. Les génomes que nous analysons sont déjà alignés au préalable par ordinateur, mais certaines parties sont décalées. Le but est d’identifier ces dernières et de convertir la tâche de les aligner en un casse-tête que les gens auront envie de résoudre. »

Jusqu’à maintenant, tout se passe très bien. Depuis le lancement du jeu en novembre 2010, les chercheurs ont reçu plus de 350 000 solutions aux problèmes d’alignement de séquences. « Phylo a contribué à améliorer notre compréhension de la régulation de 521 gènes en cause dans diverses maladies. Le jeu confirme aussi que l’intégration de problèmes informatiques difficiles dans un jeu grand public est conciliable avec le divertissement, même en l’absence de formation scientifique », souligne le professeur Waldispuhl. « Notre démarche diffère des approches traditionnelles de science citoyenne. Il ne s’agit pas de substituer l’humain à l’ordinateur ni d’engager la compétition. Phylo produit une synergie fructueuse de l’humain et de la machine dans le but de résoudre un des problèmes biologiques les plus fondamentaux. »

Grâce aux nouveaux jeux et aux nouvelles plateformes, les chercheurs espèrent inciter encore plus d’amateurs à se divertir, tout en enrichissant les connaissances sur les maladies génétiques.

RENSEIGNEMENTS : Phylo – un jeu qui permet de débrouiller le code génétique : http://phylo.cs.mcgill.ca/

http://phylo.cs.mcgill.ca/mobile

École d’informatique de McGill : http://www.cs.mcgill.ca/
Groupe de bio-informatique structurale : http://csb.cs.mcgill.ca/
Centre de bio-informatique de McGill : https://www.mcgill.ca/mcb/